Der Geschäftsführer kann gegenüber der GmbH (Innenhaftung) und gegenüber Dritten (Außenhaftung) haften.
Nach dem Eintritt der Zahlungsunfähigkeit und/oder Überschuldung darf der GmbH-Geschäftsführer keine Zahlungen mehr aus dem GmbH-Vermögen leisten. Erfolgt dies dennoch, ist er der GmbH grundsätzlich zum Ersatz dieser Zahlungen verpflichtet, vgl. § 64 S.1 GmbHG. Es spielt dabei keine Rolle, ob die Zahlungen durch den Geschäftsführer innerhalb der drei Wochenfrist oder erst danach geleistet wurden. Schon innerhalb dieser Insolvenzantragsfrist sind Zahlungen verboten. Nach § 64 S. 2 GmbHG haftet der Geschäftsführer jedoch nicht, wenn die Zahlung mit der Sorgfalt eines ordentlichen Kaufmanns vereinbar war. Die Haftung nach § 64 GmbHG setzt ein Verschulden des Geschäftsführers voraus. Ein solches liegt vor, wenn der Geschäftsführer die Zahlungsunfähigkeit und/oder Überschuldung schuldhaft nicht erkennt oder aber trotz Kenntnis ignoriert. Eine positive Kenntnis des Insolvenzgrundes ist nicht erforderlich. Es genügt einfache Fahrlässigkeit.
Ein weiterer Haftungsgrund ergibt sich aus § 823 II BGB i.V.m. § 15a InsO. Neben der Haftung gegenüber der GmbH haftet der Geschäftsführer auch gegenüber den Gesellschaftsgläubigern, wenn er die Insolvenzantragspflicht vorsätzlich oder fahrlässig verletzt. Nach diesem Anspruch wird vorausgesetzt, dass Zahlungsunfähigkeit und/oder Überschuldung eingetreten ist und der nach § 15a InsO gebotene Antrag nicht oder nicht innerhalb der Frist gestellt wurde. Auch hier genügt einfache Fahrlässigkeit. Das Vorliegen eines Insolvenzgrundes müsste für den Geschäftsführer erkennbar gewesen sein.
Weiterer Haftungstatbestände ergeben sich zum Beispiel aus der allgemeinen Treue- und Sorgfaltspflicht nach § 43 II GmbHG. Der Geschäftsführer muss die Angelegenheiten der Gesellschaft mit der Sorgfalt eines ordentlichen Geschäftsmannes wahrnehmen, § 43 I GmbHG. Er hat die Pflicht, auf Grundlage der Vorgaben der Gesellschafter den Gesellschaftszweck aktiv zu fördern und Schaden von der GmbH abzuwenden. Auch eine persönliche Haftung des Geschäftsführers nach § 826 BGB wegen Insolvenzverschleppung kommt in Betracht. Der Geschäftsführer haftet persönlich sobald er die Insolvenzreife der Gesellschaft bei der Eingehung von Geschäften verschweigt. Er kann gem. § 826 BGB wegen sittenwidriger vorsätzlicher Schädigung des Vertragspartners schadensersatzpflichtig sein, wenn er weiß oder wissen muss, dass die GmbH zur Erfüllung der begründeten Verbindlichkeiten nicht in der Lage ist oder dass die Durchführbarkeit des Vertrages bei Vorleistungspflicht des Vertragspartners durch Überschuldung der Gesellschaft von vornherein schwerwiegend gefährdet ist. Der gesetzliche Vertreter der Gesellschaft haftet zudem für Steuerschulden, die sie schuldhaft nicht entrichtet haben (steuerliche Haftung der Geschäftsführer nach §§ 34, 69 AO). Schließlich ergibt sich aus § 823 II BGB i.V.m. § 263 StGB ein Schadensersatzanspruch, wenn der Geschäftsführer einen Dritten über die finanzielle Lage der Gesellschaft täuscht und diese dadurch zu einer schädigenden Vermögensverfügung veranlasst (z.B. der Abschluss eines Rechtsgeschäfts, der Verzicht auf Sicherheiten oder die Geltendmachung einer Forderung).
Der Geschäftsführer kann im Rahmen der Strafbarkeit des Bankrotts, Gläubigerbegünstigung oder Vereitelung der Zwangsvollstreckung zur Verantwortung gezogen werden. Er kann im und bereits vor dem eigentlichen Insolvenzverfahren haften, wenn er falsche Angaben im Zusammenhang mit der Kapitalaufbringung macht, er verbandsinterne Informationspflichten verletzt, die Vermögensmasse schmälert, wegen Insolvenzverschleppung, wegen Verletzung krisenspezifischer Aufklärungspflichten, wegen der Nichterfüllung öffentlich-rechtlicher Pflichten oder wegen der Verletzung der Pflicht zur ordnungsgemäßen Buchführung.